V Owenovom živote nebeží nič správne už od chvíle, keď jeho otec zomrel vo väzení, obvinený zo zločinu, o ktorom si je Owen istý, že ho nespáchal. Monroe, školský ajťák, mu však ponúkne spôsob, ako by mohol otcovo meno očistiť, a to keď ho nechá použiť Animus – zariadenie, ktoré používateľom umožňuje preskúmavať genetické spomienky pochované v ich vlastnej DNA. Tá skúsenosť ale prinesie Owenovi viac, než predpokladal. Počas simulácie totiž odhalí existenciu starovekej a mocnej relikvie, ktorá bola dlho považovaná za legendu - Trojzubca raja. Tajné organizácie sa teraz nezastavia pred ničím, aby artefakt získali – a to ako bratstvo asasínov, tak templársky poriadok. Čoskoro začne byť zrejmé, že sa Owen môže zachrániť iba tak, že nájde Trojzubec ako prvý. Pod Monroeovým vedením vstúpi Owen a niekoľko ďalších mladých ľudí do spomienky, ktorú spolu zdieľajú prostredníctvom svojej DNA, ocitnú sa tak uprostred Odvodových nepokojov v New Yorku v roku 1863. Owena a jeho spoločníkov tak čakajú ťažké skúšky v nebezpečných uliciach New Yorku a ich minulé skúsenosti budú mať navyše ďalekosiahle dôsledky pre prítomnosť.